작은쌀쥐속(Microryzomys)은 비단털쥐과 쌀쥐족에 속하는 설치류 속이다. 근연 속은 페루쌀쥐속 과 피그미쌀쥐속, 거친털생쥐속 이다. 2종으로 이루어져 있으며, 안데스 산맥에 제한적으로 서식한다.
다음은 2006년 웩슬러 등(Weksler_et_al..)의 연구에 기초한 계통 분류이다.
아메리카가시쥐속, 아메리카사탕수수쥐속
우카얄리물쥐속, 맥코넬쌀쥐속, 핸들리쥐속, 큰머리쌀쥐속, 해먼드쌀쥐속, 톰스쌀쥐속,나무쌀쥐속, 안데스횡단쌀쥐속
작은쌀쥐속, 거친털쥐속, 피그미쌀쥐속, 페루쌀쥐속
해안쌀쥐속, 세하두쌀쥐속, 흰반점산악쥐속, 회색쌀쥐속, 습지쥐속, 큰습지쥐속, 검은쌀쥐속,남아메리카물쥐속, 갈라파고스쌀쥐속, 쌀쥐속, 브라질가짜쌀쥐속, 쌀물쥐속, 파라과이쌀쥐속